Integrated computational approach for analyzing bioactive compounds in cardiovascular diseases [Articol]

Abstract

We propose a step-by-step methodological approach for computational analysis of bioactive compounds in cardiovascular diseases (CVD) that integrates network medicine/systems biology, multi-omics integration, AI/ML, QSAR, molecular docking/AlphaFold 3, and chemogenomic resources. The workflow aligns with contemporary clinical stratification (HFrEF/HFmrEF/HFpEF; dyslipidemia; hypertension; coronary artery disease; pulmonary hypertension) and drug classes (statins/ezetimibe/PCSK9 inhibitors and siRNA; SGLT2 inhibitors; ARNI; vericiguat; targeted anti-inflammatories; ATTR-specific therapy). Projects under development include: virtual library, QSAR/early tox filters, target position/affinity (docking), including AlphaFold 3 complex prediction (AF3 for joint complex prediction), network proximity, multi-omics signature matching, prioritized hit list. Representative studies (2014–2025) are synthesized, the effects presented, and a methodological scheme for further research developed.

Propunem o abordare metodologică, pas cu pas, pentru analiza computațională a compușilor bioactivi în bolile cardiovasculare (BCV), care integrează medicina de rețea/biologia sistemelor, integrarea multi-omică, AI/ML, QSAR, docking molecular/AlphaFold 3 și resursele chemogenomice. Fluxul de lucru se aliniază cu stratificarea clinică contemporană (HFrEF/HFmrEF/HFpEF; dislipidemie; hipertensiune arterială; boală coronariană; hipertensiune pulmonară) și clasele de medicamente (statine/ezetimib/inhibitori PCSK9 și siRNA; inhibitori SGLT2; ARNI; vericiguat; antiinflamatoare țintite; terapie specifică ATTR). Proiectele aflate în dezvoltare includ: bibliotecă virtuală, filtre QSAR/early tox, poziție/afinitate țintă (docking), inclusiv predicție complexă AlphaFold 3 (AF3 pentru predicția complexului articular), proximitate de rețea, potrivire a semnăturilor multi-omice, listă de rezultate prioritizate. Sunt sintetizate studii reprezentative (2014–2025), prezentate efectele și elaborate o schemă metodologică pentru investigațiile ulterioare.